La Fondazione fa riferimento alla Soprintendenza Archeologia, Belle Arti e Paesaggio per le Province di Pisa e Livorno, la cui funzionaria responsabile per l’isola d’Elba è l’archeologa Dr.ssa Lorella Alderighi
Dal marzo 2016 il Consiglio d’Amministrazione della Fondazione Villa Romana delle Grotte comprende:
Presidente Cecilia Pacini, Membri del CdA arch. Alessandro Pastorelli e Comune di Portoferraio
Direzione Scientifica 2015-2023: Laura Pagliantini, Archeologia dei Paesaggi, Dipartimento di Scienze Storiche e dei Beni Culturali, Università di Siena
